具体如用DESEQ走的这篇公众文章,当时是用DEXseq跑流程,结果一开始就出问题了,当时也没有找到很好的方法去排除bug。在此,针对DEXseq包用于人源或者鼠源RNA-seq测序数据,提供解决办法。主要归纳为两点:
一、问题的根源
二、解决的办法
一、问题的根源
RNA测序数据从原始数据开始跑fastq+fastp+hisat2+samtools+featurecounts流程,得到每个样本的counts数,后来无意间看到‘生信技能树’的一篇推文,题目为《featureCounts和DEXseq做基于外显子定量的可变剪切》featureCounts和DEXseq做基于外显子定量的可变剪切,按照DEXseq包和