昙花

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TUhjnbcbe - 2022/2/11 13:28:00
上海治白癜风最好的医院 http://news.39.net/bjzkhbzy/170102/5188961.html
前面我发过一起用DEXseq作外显子差异分析的短文,遇到了一个大坑。

具体如用DESEQ走的这篇公众文章,当时是用DEXseq跑流程,结果一开始就出问题了,当时也没有找到很好的方法去排除bug。在此,针对DEXseq包用于人源或者鼠源RNA-seq测序数据,提供解决办法。主要归纳为两点:

一、问题的根源

二、解决的办法

一、问题的根源

RNA测序数据从原始数据开始跑fastq+fastp+hisat2+samtools+featurecounts流程,得到每个样本的counts数,后来无意间看到‘生信技能树’的一篇推文,题目为《featureCounts和DEXseq做基于外显子定量的可变剪切》featureCounts和DEXseq做基于外显子定量的可变剪切,按照DEXseq包和
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